Kaumoebavirus
Kaumoebavirus (лат.) — гигантский вирус, который морфологически и генетически близок к другому гигантскому вирусу, Faustovirus, а также вирусам семейства Asfarviridae. Он имеет икосаэдрический капсид размером около 250 нм, а его геном представлен молекулой ДНК, состоящей из около 350 тысяч пар оснований (п. о.) и содержащей 465 предсказанных генов, кодирующих белки[3].
| Kaumoebavirus | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Научная классификация | ||||||
| Международное научное название | ||||||
| Kaumoebavirus | ||||||
| Группа по Балтимору | ||||||
| I: дцДНК-вирусы | ||||||
| ||||||
Вирус был описан в 2016 году при культивации амебоидных протистов Vermamoeba vermiformis с пробой сточных вод из южной части Саудовской Аравии[3].
По состоянию на ноябрь 2018 года род Kaumoebavirus не зарегистрирован в базе данных Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV)[4].
Описание
правитьКак упоминалось выше, Kaumoebavirus имеет икосаэдрический капсид размером около 250 нм. Его геном представлен кольцевой молекулой ДНК, содержащей примерно 351731 п. о. В геноме отсутствуют повторяющиеся последовательности, за исключением длинного инвертированного[англ.] тандемного повтора длиной 1407 п. о. GC-состав генома составляет 43,7 %. Согласно данным биоинформатического анализа, геном Kaumoebavirus содержит 465 генов, которые кодируют белки длиной от 113 до 6209 аминокислотных остатков (а. о.). Гены тРНК в его геноме выявлены не были. В плане гомологии 74 (59 %) белков Kaumoebavirus наиболее близки к другим вирусным белкам, 19 (15 %) — к белкам бактерий, 31 (25%) — к белкам эукариот и два (2 %) — к белкам архей. Как и у Faustovirus, у Kaumoebavirus при созревании мРНК происходит сплайсинг[3].
Жизненный цикл
правитьНа ранней стадии инфекции (через 2 часа после проникновения в клетку протиста Vermamoeba vermiformis) в цитоплазме клетки наблюдаются фагоцитозные вакуоли, содержащие вирионы Kaumoebavirus. Ещё через три часа они уже образовывали скопления из 2—4 вирусных частиц внутри вакуолей. Через 4 часа после проникновения вирусная ДНК выходит в цитоплазму, и в течение двух последующих часов вблизи ядра клетки можно наблюдать вирусные фабрики, в которых происходит репликация вирусных геномов и сборка вирионов. С 8 по 16 час после инфицирования в вирусной фабрике выявляются новосформированные вирусные частицы Kaumoebavirus. В ходе репликации Kaumoebavirus морфология ядра клетки не изменяется. Наконец, происходит лизис клетки, и вирионы выходят наружу. Общая длительность жизненного цикла Kaumoebavirus составляет от 16 до 20 часов, как и у Faustovirus[3].
Филогения и родственные связи
правитьСреди вирусных белков к белкам Kaumoebavirus наиболее близки белки вирусов порядка Megavirales, в частности, другого гигантского вируса, Faustovirus, а также белкам семейства Asfarviridae. Среди других родственников Kaumoebavirus — члены семейств Mimiviridae[англ.], Phycodnaviridae[англ.], Poxviridae, Baculoviridae, а также гигантские вирусы рода Marseillevirus. С эволюционной точки зрения Kaumoebavirus занимает промежуточное положение между Faustovirus и Asfarviridae[3].
В 2018 году были опубликованы результаты анализа, который ещё больше подтвердил близкое родство Kaumoebavirus с Faustovirus и Asfarviridae. В исследовании проверялось, характерны ли последовательности, характерные для выявленных ранее промоторов Asfarviridae, у гигантских вирусов Kaumoebavirus и Faustovirus. Ранее было показано, что для представителей семейства Asfarviridae характерно наличие A/T-богатых последовательностей в промоторах. Оказалось, что у Kaumoebavirus и Faustovirus в промоторах преобладают AT-богатые мотивы TATTT и TATATA, что дополнительно сближает их с Asfarviridae[5].
Согласно филогенетическому дереву, построенному на основании последовательности генов семейства[англ.] ДНК-полимеразы B, Pacmanvirus, Kaumoebavirus, Faustovirus и Asfarviridae формируют монофилетическую кладу. По-видимому, эти вирусы имели общего предка[6].
Примечания
править- ↑ Таксон не признан Международным комитетом по таксономии вирусов (ICTV).
- ↑ Таксономия вирусов (англ.) на сайте Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV).
- ↑ 1 2 3 4 5 Bajrai L. H., Benamar S., Azhar E. I., Robert C., Levasseur A., Raoult D., La Scola B. Kaumoebavirus, a New Virus That Clusters with Faustoviruses and Asfarviridae. (англ.) // Viruses. — 2016. — 28 October (vol. 8, no. 11). — doi:10.3390/v8110278. — PMID 27801826.
- ↑ Search Kaumoebavirus in ICTV database. Дата обращения: 11 ноября 2018. Архивировано из оригинала 4 октября 2013 года.
- ↑ Oliveira G. P., de Aquino I. L. M., Luiz A. P. M. F., Abrahão J. S. Putative Promoter Motif Analyses Reinforce the Evolutionary Relationships Among Faustoviruses, Kaumoebavirus, and Asfarvirus. (англ.) // Frontiers In Microbiology. — 2018. — Vol. 9. — P. 1041—1041. — doi:10.3389/fmicb.2018.01041. — PMID 29875752.
- ↑ Andreani J., Khalil J. Y. B., Sevvana M., Benamar S., Di Pinto F., Bitam I., Colson P., Klose T., Rossmann M. G., Raoult D., La Scola B. Pacmanvirus, a New Giant Icosahedral Virus at the Crossroads between Asfarviridae and Faustoviruses. (англ.) // Journal Of Virology. — 2017. — 15 July (vol. 91, no. 14). — doi:10.1128/JVI.00212-17. — PMID 28446673.
Эта статья входит в число добротных статей русскоязычного раздела Википедии. |