Прибнов-бокс
Прибнов-бокс (также известен как Прибнов-Шаллер-бокс (англ. Pribnow-Schaller box)) — специфическая нуклеотидная последовательность, обязательная для промоторного участка бактерий, с которой связывается РНК-полимераза[1][2]. Последовательность нуклеотидов Прибнов-бокса — ТАТААТ — считают консенсусной последовательностью, поскольку она встречается у многих организмов с небольшими различиями. Эта последовательность названа в честь Дэвида Прибнова и Хайнца Шаллера[1][2].
Прибнов-бокс называют также −10-последовательностью, так как она располагается приблизительно на 10 пар нуклеотидов выше точки начала транскрипции.
Функции данной последовательности сходны с ТАТА-боксом, встречающимся у эукариот и архей: он распознаётся и связывается участком РНК-полимеразы во время инициации транскрипции. Она также является первой точкой, где комплементарные цепи ДНК расходятся, чтобы дать возможность начаться синтезу РНК на матрице ДНК. Это облегчается большим количеством АТ-пар, поскольку связи между аденином и тимином менее прочны, чем между гуанином и цитозином[3].
Вероятность нахождения каждого нуклеотида
править| T | A | T | A | A | T |
|---|---|---|---|---|---|
| 82 % | 89 % | 52 % | 59 % | 49 % | 89 %[4] |
Примечания
править- ↑ 1 2 Pribnow D. Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site at an early T7 promoter. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 1975. — Vol. 72, no. 3. — P. 784—788. — PMID 1093168.
- ↑ 1 2 Schaller H., Gray C., Herrmann K. Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site from the DNA of bacteriophage fd. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 1975. — Vol. 72, no. 2. — P. 737—741. — PMID 1054851.
- ↑ Yakovchuk P., Protozanova E., Frank-Kamenetskii M. D. Base-stacking and base-pairing contributions into thermal stability of the DNA double helix. (англ.) // Nucleic acids research. — 2006. — Vol. 34, no. 2. — P. 564—574. — doi:10.1093/nar/gkj454. — PMID 16449200.
- ↑ Harley C. B., Reynolds R. P. Analysis of E. coli promoter sequences. (англ.) // Nucleic acids research. — 1987. — Vol. 15, no. 5. — P. 2343—2361. — PMID 3550697.