FastPCR
FastPCR — универсальная программная среда для подбора ПЦР-праймеров и проб, для ПЦР in silico, анализа олигонуклеотидов, выравнивания последовательностей ДНК, поиска повторяющихся последовательностей ДНК и решения других задач биоинформатики.
| FastPCR | |||
|---|---|---|---|
 | |||
| Тип | биоинформатика | ||
| Автор | Руслан Николаевич Календарь | ||
| Разработчик | PrimerDigital Ltd. | ||
| Операционные системы | Windows, Linux (Wine) | ||
| Аппаратная платформа | PC | ||
| Последняя версия | 6.8 (2022) | ||
| |||
| Лицензия | условно-бесплатная | ||
| Сайт | primerdigital.com/fastpc… | ||
Возможности программы
правитьFastPCR представляет собой интегрированную среду, в которой предоставляются комплексные средства для подбора любых ПЦР-праймеров: как для стандартной ПЦР, для длинных ПЦР-фрагментов (англ. Long-range PCR), для одновременной и многолокусной (Multiplex PCR (англ.)), обратной ПЦР (Inverse PCR (англ.)) для кольцевых молекул, количественной ПЦР в реальном времени, Xtreme Chain Reaction (XCR), групп-специфической ПЦР для родственных последовательностей (англ. Group-specific PCR) (общие праймеры для всех исследуемых последовательностей), уникальной ПЦР (англ. Unique PCR) (в котором задача состоит в амплификации только конкретной последовательности среди родственных последовательностей); подбор праймеров для перекрывающегося ПЦР (Overlap extension polymerase chain reaction (англ.)) для объединении нескольких ПЦР-продуктов в один общий ПЦР-продукт.
Программа автоматически обнаруживает микросателлитные локусы (SSR) и подбирает праймеры для этого участка. Подбор праймеров также возможен и для аминокислотной последовательности. Для сборки длинных фрагментов ДНК из коротких олигонуклеотидов служит инструмент (полимеразное цепное объединение).
Программное обеспечение использует как стандартные, так и вырожденные последовательности праймеров, в том числе и для расчета температуры плавления праймеров на основе термодинамических параметров ближайший соседей.
ПЦР in silico позволяет искать комплементарные последовательности к праймерам или пробам на последовательности генома или на хромосомах и прогнозировать вероятные продукты ПЦР, а также искать неспецифические участки связывания праймера или зонда. Виртуальная ПЦР полезна для вычисления температуры связывания пробы или праймера с ДНК-мишенью, а также для вычисления температуры отжига в ПЦР.
Длинные олигонуклеотиды могут быть подобраны для анализа с помощью микрочипов и других подобных молекулярных проб в количественном ПЦР.
ПЦР-праймеры анализируются на наличие вторичных структур, включая Хугстиновские структуры типа G-квадруплекс, петли, внутримолекулярные и межмолекулярные димеры в паре праймеров.
FastPCR имеет возможность работать с длинными последовательностями, такими как хромосомы, а также со списком индивидуальных нуклеиновых кислот и белковых последовательностей. Программа позволяет редактировать последовательность и проводить её анализ.
Программа выявляет различные типы повторяющихся последовательностей.
В программу входят различные инструменты для биоинформатики для анализа сдвига в нуклеотидной последовательности как GC, AT, пуринов и пиримидинов, анализа лингвистической сложности последовательности; генерации случайной последовательности ДНК, поиск сайта рестрикции для I-II-III типов рестриктаз, а также для поиска и искусственная генерации сайта рестрикции в кодирующей последовательности.
Программа поддерживает кластеризацию последовательностей и поиска последовательностей.
Другие программы
правитьСм. также
правитьПримечания
правитьЛитература
править- Kalendar R, Khassenov B, Ramankulov Y, Samuilova O, Ivanov KI 2017. FastPCR: an in silico tool for fast primer and probe design and advanced sequence analysis. Genomics, 109: 312-319.
- Kalendar R, Muterko A, Shamekova M, Zhambakin K 2017. In silico PCR tools a fast primer, probe and advanced searching. Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), 1620: 1-31.
- Kalendar R, Tselykh TV, Khassenov B, Ramanculov EM 2017. Introduction on using the FastPCR software and the related Java web tools for PCR, in silico PCR, and oligonucleotide assembly and analysis. Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), 1620: 33-64.
- Kalendar R, Lee D, Schulman AH 2014. FastPCR software for PCR, in silico PCR, and oligonucleotide assembly and analysis. Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), 1116: 271-302.
- Kalendar R, Lee D, Schulman AH 2011. Java web tools for PCR, in silico PCR, and oligonucleotide assembly and analysis. Genomics, 98(2): 137-144.