BioBrick (БиоБлок) — последовательности ДНК, предназначенные для сборки рестриктазно-лигазным методом, которые используются для разработки и создания искусственных биологических систем с определенными свойствами[1][2]. C 2008 года признается ведущим стандартом синтетической биологии[2]. После разработки на компьютере, код, как правило, внедряют в живые клетки, например Escherichia coli, чтобы придать им новые функции.
_standard_visual_symbols.png)
Иерархия стандарта
правитьСтандарт имеет трехуровневую иерархическую систему, на которой основана cинтетическая биология:
- Части: последовательность ДНК, которая формирует функциональную единицу (например промоторы, сайты связывания рибосом, кодирующие последовательности, терминаторные последовательности и пр.)
- Устройства: набор соединённых воедино взаимодополняющих частей, обладающий заданной функцией;
- Системы: набор устройств, выполняющих высокоуровневые задачи;
Преимущества стандарта
правитьСтандарт разработан в MIT с целью применения инженерных принципов абстракции и модульности в области программирования биологических систем и живых организмов. Преимущества стандартизированного подхода Biobrick:
- высокая скорость сборки последовательностей;
- надежность высокоуровневых систем увеличивается за счет возможности независимо тестировать и классифицировать отдельные, более низкоуровневые, части и устройства;
- потенциал большего охвата участников (ученых и специалистов) по сравнению с классическими подходами;
История BioBrick
править2003
правитьСтандарт BioBrick был описан и представлен Томом Найтом в MIT. С этого момента различные исследовательские группы начали использовать BioBrick для создания новых биологических устройств и систем.
2006
правитьВ 2006 году инженерами и учеными была основана некоммерческая организация BioBricks Foundation с целью стандартизировать биологические части в данной области науки.[3]
2008
правитьС начала проекта уже более 2000 элементов BioBrick были выложены в открытый доступ и доступны в Реестре Стандартных биологических частей. BioBrick признается ведущим стандартом синтетической биологии[2]
2015
правитьВ соревнованиях iGEM 2015 приняло участие 5018 участников (280 команд) из 38 стран [1]
2017
правитьВ соревнованиях iGEM 2017 приняло участие 5400 участников (310 команд).
2018
правитьВ Каталоге частей BioBrick было уже более 20000 задокументированных генетических частей. Данные части доступны для свободного использования командам iGEM и академическим лабораториям [2].
Альтернативные стандарты
правитьПервая попытка создать список стандартизированных биологических частей NOMAD была предпринята в 1996 году группой учёных под руководством Д. Ребатчука. Его команда представили стратегию клонирования для сборки коротких фрагментов ДНК. Но эта ранняя попытка не получила широкого распространения.[4]
Смотреть также
правитьПримечания
править- ↑ Tom Knight (2003). Idempotent Vector Design for Standard Assembly of Biobricks. Дата обращения: 26 сентября 2014. Архивировано 6 октября 2014 года.
- ↑ 1 2 3 Knight, Thomas F; Reshma P Shetty; Drew Endy. Engineering BioBrick vectors from BioBrick parts (неопр.) // Journal of Biological Engineering. — 2008. — 14 April (т. 2, № 5). — С. 1—12. — doi:10.1186/1754-1611-2-5. — PMID 18410688. — PMC 2373286. Архивировано 28 сентября 2015 года.
- ↑ BioBricks Foundation. BioBricks Foundation. Дата обращения: 19 марта 2018. Архивировано 12 марта 2018 года.
- ↑ Rebatchouk, Dmitri; Daraselia, N.; Narita, J. O. NOMAD: a versatile strategy for in vitro DNA manipulation applied to promoter analysis and vector design. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1996. — 1 October (vol. 93, no. 20). — P. 10891—10896. — doi:10.1073/pnas.93.20.10891. Архивировано 24 сентября 2015 года.