Клуб был основан 1 сентября 2007 года после слияния любительского футбольного клуба «Наполис» и спортивной школы «Клево». С 2010 года клуб играл в III лиге в зоне «Шяуляй».
В 2017 году клуб впервые вышел в II лигу. В 2019 году команда дошла до 1/8 финала Кубка Литвы, где уступила — «Паневежис». Хотя по итогам сезона команда финишировала шестой, команда получила wild card на участие в Первой профессиональной лиге. Первый сезон команда завершила на 6 месте.
В 2021 году клуб на протяжении большинства сезона лидировал в таблице Первой лиги, но по итогу сезона разделил первое место с «Ионавой», которая проиграла последний матч «Шяуляю» и упустила титул. Был сыгран золотой матч за чемпионство, где «ФА Шяуляй» победил в серии пенальти. «ФА Шяуляй» вернул Шяуляю высшую лигу Литвы спустя 6 лет (в 2015 году в высшей лиге играл «Шяуляй»).
В данном списке представлены сезоны клуба «Шяуляй» с 2017 года и по нынешнее время, расположенные в хронологическом порядке. По каждому сезону представлена следующая информация: результат в национальном чемпионате (со статистикой матчей), результат в национальном кубке (стадия вылета). В разделе «Примечания» даны ссылки на источники с более подробной информацией по сезонам.
Дейвис Канчельскис
Левадия
