Апратаксин

Апратаксин
Апратаксин
Доступные структуры
Доступные структуры
PDB	Поиск ортологов: PDBe RCSB
Список идентификаторов PDB
Список идентификаторов PDB
	3KT9, 4NDF, 4NDG, 4NDH, 4NDI
Идентификаторы
Псевдонимы	APTX, AOA, AOA1, AXA1, EAOH, EOAHA, FHA-HIT, aprataxin
Внешние ID	OMIM: 606350 MGI: 1913658 HomoloGene: 41634 GeneCards: APTX
Расположение гена (человек)
Расположение гена (человек)
Хр.	9-я хромосома человека
Конец	33,025,168 bp
Расположение гена (Мышь)
Расположение гена (Мышь)
Хр.	4-я хромосома мыши
Конец	40,703,194 bp
Паттерн экспрессии РНК
Паттерн экспрессии РНК
	Наибольшая экспрессия в
	epithelium of colon; ; skin of leg; ; right adrenal cortex; ; skin of abdomen; ; stromal cell of endometrium; ; right uterine tube; ; mucosa of transverse colon;
	Наибольшая экспрессия в
	seminiferous tubule; ; neural layer of retina; ; ventricular zone; ; muscle of thigh;
	Дополнительные справочные данные
	Дополнительные справочные данные
Генная онтология
Генная онтология
Молекулярная функция	ДНК-связывающий; protein N-terminus binding; polynucleotide 3'-phosphatase activity; chromatin binding; связывание с ионом металла; damaged DNA binding; phosphoprotein binding; связывание с белками плазмы; phosphoglycolate phosphatase activity; активность катализатора; double-stranded RNA binding; double-stranded DNA binding; гидролазная активность; DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity; nucleic acid binding; DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase; single-stranded DNA binding; mismatched DNA binding; single-strand break-containing DNA binding;
Компонент клетки	цитоплазма; хроматин; ядрышко; клеточное ядро; нуклеоплазма;
Биологический процесс	regulation of protein stability; cellular response to DNA damage stimulus; DNA ligation; double-strand break repair; response to hydrogen peroxide; репарация ДНК; polynucleotide 3' dephosphorylation; nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis; single strand break repair; дефосфорилирование;
	Источники: Amigo, QuickGO
Ортологи
Ортологи
	54840
	66408
	ENSG00000137074
	ENSMUSG00000028411
	Q7Z2E3
	Q7TQC5
NM_001195248; NM_001195249; NM_001195250; NM_001195251; NM_001195252;
	NM_001195254; NM_017692; NM_175069; NM_175072; NM_175073
	NM_001025444; NM_001025445; NM_025545
NP_001182177; NP_001182178; NP_001182179; NP_001182180; NP_001182181;
	NP_001182183; NP_778239; NP_778243; NP_001355924; NP_001355925; NP_001355926; NP_001355927; NP_001355928; NP_001355929; NP_001355930; NP_001355931; NP_001355932; NP_001355933; NP_001355934; NP_001355935; NP_001357598; NP_001357599; NP_001357602
	NP_001020615; NP_001020616; NP_079821
	Информация в Викиданных
Смотреть (человек)	Смотреть (мышь)

Апратаксин — белок, кодируемый у человека геном APTX ^[5]^[6]^[7].

Этот ген кодирует члена надсемейства гистидиновых триад (HIT), некоторые из которых имеют активность нуклеотидо-связанных и диаденозино-полифосфатных гидролаз. Кодируемый белок может играть роль в репарации одноцепочечной ДНК. Мутации в этом гене были связаны с атаксией с глазодвигательной апраксией. Были определены несколько вариантов транскрипции этого гена, кодирующих различные изоформы, однако, полная природа некоторых вариантов не была определена^[7].

Функция

Апратаксин удаляет AMP от концов ДНК вслед за неудачными попытками лигирование ДНК-лигазы IV во время негомологичного соединения концов, позволяя тем самым производить последующие попытки лигирования^[8]^[9].

Взаимодействия

Апратаксин, как было выявлено, взаимодействует с:

Примечания

↑ ¹ ² ³ GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000137074 - Ensembl, May 2017
↑ ¹ ² ³ GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000028411 - Ensembl, May 2017
↑ Ссылка на публикацию человека на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
↑ Ссылка на публикацию мыши на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
↑ Date H., Onodera O., Tanaka H., Iwabuchi K., Uekawa K., Igarashi S., Koike R., Hiroi T., Yuasa T., Awaya Y., Sakai T., Takahashi T., Nagatomo H., Sekijima Y., Kawachi I., Takiyama Y., Nishizawa M., Fukuhara N., Saito K., Sugano S., Tsuji S. Early-onset ataxia with ocular motor apraxia and hypoalbuminemia is caused by mutations in a new HIT superfamily gene (англ.) // Nat Genet : journal. — 2001. — October (vol. 29, no. 2). — P. 184—188. — doi:10.1038/ng1001-184. — PMID 11586299.
↑ Moreira M.C., Barbot C., Tachi N., Kozuka N., Uchida E., Gibson T., Mendonca P., Costa M., Barros J., Yanagisawa T., Watanabe M., Ikeda Y., Aoki M., Nagata T., Coutinho P., Sequeiros J., Koenig M. The gene mutated in ataxia-ocular apraxia 1 encodes the new HIT/Zn-finger protein aprataxin (англ.) // Nat Genet : journal. — 2001. — October (vol. 29, no. 2). — P. 189—193. — doi:10.1038/ng1001-189. — PMID 11586300.
↑ ¹ ² Entrez Gene: APTX aprataxin (неопр.).
↑ Rass U., Ahel I., West S.C. Molecular mechanism of DNA deadenylation by the neurological disease protein aprataxin (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2008. — December (vol. 283, no. 49). — P. 33994—34001. — doi:10.1074/jbc.M807124200. — PMID 18836178. — PMC 2662222.
↑ Reynolds J.J., El-Khamisy S.F., Katyal S., Clements P., McKinnon P.J., Caldecott K.W. Defective DNA ligation during short-patch single-strand break repair in ataxia oculomotor apraxia 1 (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 2009. — March (vol. 29, no. 5). — P. 1354—1362. — doi:10.1128/MCB.01471-08. — PMID 19103743. — PMC 2643831.
↑ ¹ ² Date H., Igarashi S., Sano Y., Takahashi T., Takahashi T., Takano H., Tsuji S., Nishizawa M., Onodera O. The FHA domain of aprataxin interacts with the C-terminal region of XRCC1 (англ.) // Biochem. Biophys. Res. Commun. : journal. — 2004. — December (vol. 325, no. 4). — P. 1279—1285. — doi:10.1016/j.bbrc.2004.10.162. — PMID 15555565.
↑ ¹ ² ³ Gueven N., Becherel O.J., Kijas A.W., Chen P., Howe O., Rudolph J.H., Gatti R., Date H., Onodera O., Taucher-Scholz G., Lavin M.F. Aprataxin, a novel protein that protects against genotoxic stress (англ.) // Human Molecular Genetics^[англ.] : journal. — Oxford University Press, 2004. — May (vol. 13, no. 10). — P. 1081—1093. — doi:10.1093/hmg/ddh122. — PMID 15044383.
↑ Clements P.M., Breslin C., Deeks E.D., Byrd P.J., Ju L., Bieganowski P., Brenner C., Moreira M.C., Taylor A.M., Caldecott K.W. The ataxia-oculomotor apraxia 1 gene product has a role distinct from ATM and interacts with the DNA strand break repair proteins XRCC1 and XRCC4 (англ.) // DNA Repair (Amst.)^[англ.] : journal. — 2004. — November (vol. 3, no. 11). — P. 1493—1502. — doi:10.1016/j.dnarep.2004.06.017. — PMID 15380105.

Литература

Aicardi J., Barbosa C., Andermann E. et al. Ataxia-ocular motor apraxia: a syndrome mimicking ataxia-telangiectasia. (рум.) // Ann. Neurol.^[англ.]. — 1989. — Т. 24, nr. 4. — P. 497—502. — doi:10.1002/ana.410240404. — PMID 3239952.
Gascon G.G., Abdo N., Sigut D. et al. Ataxia-oculomotor apraxia syndrome. (англ.) // J. Child Neurol.^[англ.] : journal. — 1995. — Vol. 10, no. 2. — P. 118—122. — doi:10.1177/088307389501000210. — PMID 7782601.
Hannan M.A., Sigut D., Waghray M., Gascon G.G. Ataxia-ocular motor apraxia syndrome: an investigation of cellular radiosensitivity of patients and their families. (англ.) // J. Med. Genet.^[англ.] : journal. — 1995. — Vol. 31, no. 12. — P. 953—956. — doi:10.1136/jmg.31.12.953. — PMID 7891378. — PMC 1016697.
Moreira M.C., Barbot C., Tachi N. et al. Homozygosity mapping of Portuguese and Japanese forms of ataxia-oculomotor apraxia to 9p13, and evidence for genetic heterogeneity. (англ.) // Am. J. Hum. Genet.^[англ.] : journal. — 2001. — Vol. 68, no. 2. — P. 501—508. — doi:10.1086/318191. — PMID 11170899. — PMC 1235299.
Brenner C. Hint, Fhit, and GalT: function, structure, evolution, and mechanism of three branches of the histidine triad superfamily of nucleotide hydrolases and transferases. (англ.) // Biochemistry : journal. — 2002. — Vol. 41, no. 29. — P. 9003—9014. — doi:10.1021/bi025942q. — PMID 12119013. — PMC 2571077.
Shimazaki H., Takiyama Y., Sakoe K. et al. Early-onset ataxia with ocular motor apraxia and hypoalbuminemia: the aprataxin gene mutations. (англ.) // Neurology : journal. — Wolters Kluwer^[англ.], 2002. — Vol. 59, no. 4. — P. 590—595. — doi:10.1212/wnl.59.4.590. — PMID 12196655.
Strausberg R.L., Feingold E.A., Grouse L.H. et al. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2003. — Vol. 99, no. 26. — P. 16899—16903. — doi:10.1073/pnas.242603899. — PMID 12477932. — PMC 139241.
Tranchant C., Fleury M., Moreira M.C. et al. Phenotypic variability of aprataxin gene mutations. (англ.) // Neurology : journal. — Wolters Kluwer^[англ.], 2004. — Vol. 60, no. 5. — P. 868—870. — doi:10.1212/01.wnl.0000048562.88536.a4. — PMID 12629250.
Le Ber I., Moreira M.C., Rivaud-Péchoux S. et al. Cerebellar ataxia with oculomotor apraxia type 1: clinical and genetic studies. (англ.) // Brain^[англ.] : journal. — Oxford University Press, 2003. — Vol. 126, no. Pt 12. — P. 2761—2772. — doi:10.1093/brain/awg283. — PMID 14506070.
Sekijima Y., Hashimoto T., Onodera O. et al. Severe generalized dystonia as a presentation of a patient with aprataxin gene mutation. (англ.) // Mov. Disord.^[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 18, no. 10. — P. 1198—1200. — doi:10.1002/mds.10526. — PMID 14534929.
Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T. et al. Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs. (англ.) // Nat. Genet. : journal. — 2004. — Vol. 36, no. 1. — P. 40—5. — doi:10.1038/ng1285. — PMID 14702039.
Sano Y., Date H., Igarashi S. et al. Aprataxin, the causative protein for EAOH is a nuclear protein with a potential role as a DNA repair protein. (англ.) // Ann. Neurol.^[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 55, no. 2. — P. 241—249. — doi:10.1002/ana.10808. — PMID 14755728.
Gueven N., Becherel O.J., Kijas A.W. et al. Aprataxin, a novel protein that protects against genotoxic stress. (англ.) // Human Molecular Genetics^[англ.] : journal. — Oxford University Press, 2004. — Vol. 13, no. 10. — P. 1081—1093. — doi:10.1093/hmg/ddh122. — PMID 15044383.
Humphray S.J., Oliver K., Hunt A.R. et al. DNA sequence and analysis of human chromosome 9. (англ.) // Nature. — 2004. — Vol. 429, no. 6990. — P. 369—374. — doi:10.1038/nature02465. — PMID 15164053. — PMC 2734081.
Habeck M., Zühlke C., Bentele K.H. et al. Aprataxin mutations are a rare cause of early onset ataxia in Germany. (англ.) // J. Neurol.^[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 251, no. 5. — P. 591—594. — doi:10.1007/s00415-004-0374-7. — PMID 15164193.
Hirano M., Nishiwaki T., Kariya S. et al. Novel splice variants increase molecular diversity of aprataxin, the gene responsible for early-onset ataxia with ocular motor apraxia and hypoalbuminemia. (англ.) // Neurosci. Lett.^[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 366, no. 2. — P. 120—125. — doi:10.1016/j.neulet.2004.05.034. — PMID 15276230.
Amouri R., Moreira M.C., Zouari M. et al. Aprataxin gene mutations in Tunisian families. (англ.) // Neurology. — Wolters Kluwer^[англ.], 2005. — Vol. 63, no. 5. — P. 928—929. — doi:10.1212/01.wnl.0000137044.06573.46. — PMID 15365154.
Clements P.M., Breslin C., Deeks E.D. et al. The ataxia-oculomotor apraxia 1 gene product has a role distinct from ATM and interacts with the DNA strand break repair proteins XRCC1 and XRCC4. (англ.) // DNA Repair (Amst.)^[англ.] : journal. — 2005. — Vol. 3, no. 11. — P. 1493—1502. — doi:10.1016/j.dnarep.2004.06.017. — PMID 15380105.

Ссылки

[refGRCh38EnsemblENSG00000137074-1] ¹ ² ³ GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000137074 - Ensembl, May 2017

[refGRCm38EnsemblENSMUSG00000028411-2] ¹ ² ³ GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000028411 - Ensembl, May 2017

[3] Ссылка на публикацию человека на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] Ссылка на публикацию мыши на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid11586299-5] Date H., Onodera O., Tanaka H., Iwabuchi K., Uekawa K., Igarashi S., Koike R., Hiroi T., Yuasa T., Awaya Y., Sakai T., Takahashi T., Nagatomo H., Sekijima Y., Kawachi I., Takiyama Y., Nishizawa M., Fukuhara N., Saito K., Sugano S., Tsuji S. Early-onset ataxia with ocular motor apraxia and hypoalbuminemia is caused by mutations in a new HIT superfamily gene (англ.) // Nat Genet : journal. — 2001. — October (vol. 29, no. 2). — P. 184—188. — doi:10.1038/ng1001-184. — PMID 11586299.

[pmid11586300-6] Moreira M.C., Barbot C., Tachi N., Kozuka N., Uchida E., Gibson T., Mendonca P., Costa M., Barros J., Yanagisawa T., Watanabe M., Ikeda Y., Aoki M., Nagata T., Coutinho P., Sequeiros J., Koenig M. The gene mutated in ataxia-ocular apraxia 1 encodes the new HIT/Zn-finger protein aprataxin (англ.) // Nat Genet : journal. — 2001. — October (vol. 29, no. 2). — P. 189—193. — doi:10.1038/ng1001-189. — PMID 11586300.

[entrez-7] ¹ ² Entrez Gene: APTX aprataxin (неопр.).

[pmid18836178-8] Rass U., Ahel I., West S.C. Molecular mechanism of DNA deadenylation by the neurological disease protein aprataxin (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2008. — December (vol. 283, no. 49). — P. 33994—34001. — doi:10.1074/jbc.M807124200. — PMID 18836178. — PMC 2662222.

[pmid19103743-9] Reynolds J.J., El-Khamisy S.F., Katyal S., Clements P., McKinnon P.J., Caldecott K.W. Defective DNA ligation during short-patch single-strand break repair in ataxia oculomotor apraxia 1 (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 2009. — March (vol. 29, no. 5). — P. 1354—1362. — doi:10.1128/MCB.01471-08. — PMID 19103743. — PMC 2643831.

[pmid15555565-10] ¹ ² Date H., Igarashi S., Sano Y., Takahashi T., Takahashi T., Takano H., Tsuji S., Nishizawa M., Onodera O. The FHA domain of aprataxin interacts with the C-terminal region of XRCC1 (англ.) // Biochem. Biophys. Res. Commun. : journal. — 2004. — December (vol. 325, no. 4). — P. 1279—1285. — doi:10.1016/j.bbrc.2004.10.162. — PMID 15555565.

[pmid15044383-11] ¹ ² ³ Gueven N., Becherel O.J., Kijas A.W., Chen P., Howe O., Rudolph J.H., Gatti R., Date H., Onodera O., Taucher-Scholz G., Lavin M.F. Aprataxin, a novel protein that protects against genotoxic stress (англ.) // Human Molecular Genetics^[англ.] : journal. — Oxford University Press, 2004. — May (vol. 13, no. 10). — P. 1081—1093. — doi:10.1093/hmg/ddh122. — PMID 15044383.

[pmid15380105-12] Clements P.M., Breslin C., Deeks E.D., Byrd P.J., Ju L., Bieganowski P., Brenner C., Moreira M.C., Taylor A.M., Caldecott K.W. The ataxia-oculomotor apraxia 1 gene product has a role distinct from ATM and interacts with the DNA strand break repair proteins XRCC1 and XRCC4 (англ.) // DNA Repair (Amst.)^[англ.] : journal. — 2004. — November (vol. 3, no. 11). — P. 1493—1502. — doi:10.1016/j.dnarep.2004.06.017. — PMID 15380105.

[5]

[6]

[7]

[1]

[2]

[3]

[4]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]