Транспортин-1

Транспортин-1
Транспортин-1
Доступные структуры
Доступные структуры
PDB	Поиск ортологов: PDBe RCSB
Список идентификаторов PDB
Список идентификаторов PDB
	1QBK, 2H4M, 2OT8, 2QMR, 2Z5J, 2Z5K, 2Z5M, 2Z5N, 2Z5O, 4FDD, 4FQ3, 4JLQ, 4OO6
Идентификаторы
Псевдонимы	TNPO1, IPO2, KPNB2, MIP, MIP1, TRN, Transportin 1
Внешние ID	OMIM: 602901 MGI: 2681523 HomoloGene: 5358 GeneCards: TNPO1
Расположение гена (человек)
Расположение гена (человек)
Хр.	5-я хромосома человека
Конец	72,916,733 bp
Расположение гена (Мышь)
Расположение гена (Мышь)
Хр.	13-я хромосома мыши
Конец	99,062,892 bp
Паттерн экспрессии РНК
Паттерн экспрессии РНК
	Наибольшая экспрессия в
	corpus epididymis; ; tail of epididymis; ; caput epididymis; ; secondary oocyte;
	Наибольшая экспрессия в
	tail of embryo; ; secondary oocyte; ; cumulus cell; ; Gonadal ridge; ; primitive streak;
	Дополнительные справочные данные
	; ; ; ;
	Дополнительные справочные данные
Генная онтология
Генная онтология
Молекулярная функция	связывание с белками плазмы; nuclear localization sequence binding; RNA binding;
Компонент клетки	цитоплазма; цитозоль; ядерная мембрана; nuclear periphery; экзосома; клеточное ядро; реснички;
Биологический процесс	ribosomal protein import into nucleus; regulation of mRNA stability; protein transport; вирусный процесс; intracellular protein transport; NLS-bearing protein import into nucleus; intraciliary transport involved in cilium assembly; перенос; protein import into nucleus;
	Источники: Amigo, QuickGO
Ортологи
Ортологи
	3842
	238799
	ENSG00000083312
	ENSMUSG00000009470
	Q92973
	Q8BFY9
	NM_002270; NM_153188
	NM_001048267; NM_178716
NP_002261; NP_694858; NP_001351221; NP_001351222; NP_001351223;
	NP_001351224; NP_001351225
	NP_001041732; NP_848831
	Информация в Викиданных
Смотреть (человек)	Смотреть (мышь)

Транспортин-1 (импортин-β2, кариоферин-β2, MIP) — транспортный фактор, участвующий в переносе белков в клеточное ядро, который у человека кодируется геном TNPO1. Транспортин-1 импортирует в ядро широкий спектр белков, среди которых много РНК-связывающих белков и факторов транскрипции^[5]. Гомологом транспортина-1 у дрожжей является Kap104p^[6].

Транспортин-1 связывает свои субстраты напрямую без участия адаптера. Он распознаёт особый тип сигнала ядерной локализации — PY-NLS (англ. Nuclear Localization Signal). PY-NLS имеют размер 15—30 аминокислотных остатков и могут довольно сильно отличаться по последовательности, но в целом они характеризуются наличием N-концевого кластера гидрофобных или положительно заряженных аминокислотных остатков и C-концевым мотивом R/K/H-X_2—5-P-Y^[7]. Соответственно выделяют два подкласса PY-NLS: гидрофобные и основные. Известно несколько белков, которые транспортируются в ядро транспортином-1, но не содержат PY-NLS^[8].

Большинство известных субстратов транспортина-1 представлено РНК-связывающими белками^[8]. Субстратами транспортина-1 являются белки PQBP1, PABP2, EWS, FUS, SAM68, hnRNP M, hnRNP A1, hnRNP A0, hnRNP A2, hnRNP A3, hnRNP D, hnRNP F, hnRNP H1, JKTP-1, TAP (NXF1), HuR, HEXIM1, RB15B, Clk3, WBS16, циклин T1, TAFII68, CPSF6, HCC1, SOX14, ETLE^[6], DJ-1, ELYS, GSK-3β, HCMV UL79, huntingtin, PABPN1, TAF15, TIS11, RP2^[7]. Все они содержат мотив PY-NLS. Субстраты KIF17 и symportin 1 содержат гомологичный PL-NLS. Кроме того есть сообщения об участии транспортина-1 в ядерном импорте некоторых белков (ADAR1, CD44, FOXO4, JMJD5, PLK1), которые не содержат явного PY-NLS.

Примечания

↑ ¹ ² ³ GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000083312 - Ensembl, May 2017
↑ ¹ ² ³ GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000009470 - Ensembl, May 2017
↑ Ссылка на публикацию человека на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
↑ Ссылка на публикацию мыши на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
↑ Christie M., Chang C. W., Róna G., Smith K. M., Stewart A. G., Takeda A. A., Fontes M. R., Stewart M., Vértessy B. G., Forwood J. K., Kobe B. Structural biology and regulation of protein import into the nucleus. (англ.) // Journal of molecular biology. — 2015. — doi:10.1016/j.jmb.2015.10.023. — PMID 26523678. [исправить]
↑ ¹ ² Chook Y. M., Süel K. E. Nuclear import by karyopherin-βs: recognition and inhibition. (англ.) // Biochimica et biophysica acta. — 2011. — Vol. 1813, no. 9. — P. 1593—1606. — doi:10.1016/j.bbamcr.2010.10.014. — PMID 21029754. [исправить]
↑ ¹ ² Soniat M., Chook Y. M. Nuclear localization signals for four distinct karyopherin-β nuclear import systems. (англ.) // The Biochemical journal. — 2015. — Vol. 468, no. 3. — P. 353—362. — doi:10.1042/BJ20150368. — PMID 26173234. [исправить]
↑ ¹ ² Twyffels L., Gueydan C., Kruys V. Transportin-1 and Transportin-2: protein nuclear import and beyond. (англ.) // FEBS letters. — 2014. — Vol. 588, no. 10. — P. 1857—1868. — doi:10.1016/j.febslet.2014.04.023. — PMID 24780099. [исправить]

[refGRCh38EnsemblENSG00000083312-1] ¹ ² ³ GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000083312 - Ensembl, May 2017

[refGRCm38EnsemblENSMUSG00000009470-2] ¹ ² ³ GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000009470 - Ensembl, May 2017

[3] Ссылка на публикацию человека на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] Ссылка на публикацию мыши на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[Christie2015-5] Christie M., Chang C. W., Róna G., Smith K. M., Stewart A. G., Takeda A. A., Fontes M. R., Stewart M., Vértessy B. G., Forwood J. K., Kobe B. Structural biology and regulation of protein import into the nucleus. (англ.) // Journal of molecular biology. — 2015. — doi:10.1016/j.jmb.2015.10.023. — PMID 26523678. [исправить]

[Chook2011-6] ¹ ² Chook Y. M., Süel K. E. Nuclear import by karyopherin-βs: recognition and inhibition. (англ.) // Biochimica et biophysica acta. — 2011. — Vol. 1813, no. 9. — P. 1593—1606. — doi:10.1016/j.bbamcr.2010.10.014. — PMID 21029754. [исправить]

[Soniat2015-7] ¹ ² Soniat M., Chook Y. M. Nuclear localization signals for four distinct karyopherin-β nuclear import systems. (англ.) // The Biochemical journal. — 2015. — Vol. 468, no. 3. — P. 353—362. — doi:10.1042/BJ20150368. — PMID 26173234. [исправить]

[Twyffels2014-8] ¹ ² Twyffels L., Gueydan C., Kruys V. Transportin-1 and Transportin-2: protein nuclear import and beyond. (англ.) // FEBS letters. — 2014. — Vol. 588, no. 10. — P. 1857—1868. — doi:10.1016/j.febslet.2014.04.023. — PMID 24780099. [исправить]

[5]

[6]

[1]

[2]

[3]

[4]

[7]

[8]